民國四十七年，本校以私立學校率先加入培養國家基礎科技人才的陣容，成立數學系與化學系，同時也升格進入四年制文理學院的新紀元。五年後，物理系相繼成立，此為理學院的成立過程。由於本院各相關實驗教學的需要，在歷任校長、院長和系主任的策劃下，先後建立鍾靈化學館和騮先紀念科學館，數理化三系也隨即銜命成立研究所招攬碩、博士班研究生，培育國家高科技人才，至此本院邁向以教學和研究並重之途。民國六十四年，教育部主辦教學評鑑，本院三系歷經學校大力的支持和老師的努力，果不負眾望，與臺大和清大並列優等，當時曾引起各公私立大學之羨慕。民國六十九年，本校終獲改制為大學，全院師生為百尺竿頭更進一步，積極鼓勵大學部畢業生繼續進修，當年即創下國內畢業生考上碩士班研究所最高人次的輝煌紀錄。日後每當鳳凰花開的季節，科學館和化學館前總張貼著顯眼又令人刮目相看的榜單。這都是本院師生默默努力的成績單，也是呈給學校驗收的成果，更是每年畢業生獻給家長的最佳禮物。
近年來，學校在鼓勵教學、開發新課程與提升研究方面，增訂許多具體獎勵措施，使得老師心血的付出獲得肯定，更願意為學校戮力以赴。尤其是學校推行重點系所以來，本院三系受到此項政策的鼓勵和鞭策，在學術交流、重點研究及學術成果發表上均受益深遠並有所突破。這幾年，本院師生發表在國際知名期刊SCI及EI上的研究論文篇數皆呈穩定成長，國科會專題研究計畫案件數也逐年提高。八十九學年度，本院共有專任老師七十五位獲得四十九件計畫案，還有新進老師之計畫案正審理中。近三年國科會和產學合作研究計畫案共有一百四十九件，研究經費總額超過一億一千萬元以上。本院在校內外的督促和鼓勵下，成立理學院科技中心，推動團隊合作之產學研究計畫，善用各方資源，結合本校理、工學院及輔大，臺科大，臺大醫學院等二十二位教授共同合作研究。日前由林雲山榮譽教授領軍之整合研究計畫剛剛通過審查，其研究總經費超過一千八百萬元，現正簽約中，這是國科會有史以來參與教授最多的整合型研究計畫。由此可見，本院的各項表現除受到學校的重視，也獲得校外的肯定。這都是全體師生的努力，當然更要感謝學校長官持續對本院的支持。
八十八學年度學校訂為理學年，是具有多重意義的。在軟硬體建設方面，學校為滿足本院教學和研究的需求，並符合國內環保衛生的規定，而於八十八年秋陸續完成化學館增建和科學館整新等工程，使得本院的教學和研究環境大幅提升，並以此作為慶祝本校創立五十週年之暖身活動。本院師生和系友除同感榮幸，慶祝兩館的落成和啟用外，更深感各種壓力已悄然落在本院每位師生的肩膀上，此由化學館和科學館內的師生全年無休地進行研究，全國唯一全天候二十四小時開放的化學新館圖書館也徹夜造福埋首研究及實驗的師生，即可見一般。而本院全體師生更將以此自我砥礪，勢以更具體的行動響應學校的三化政策和積極推動各項學術活動。
本院在理學年辦理的「自我評鑑」就是一項深具意義的工程。這是本校首次自辦的「自我評鑑」，在創辦人、校長和副校長的政策指導及教品會的技術支援下，全院同仁總動員，彙整近三年來在研究、教學、輔導、行政和服務等方面之具體成果，再禮聘校外專家學者作客觀地檢評，尤其針對本院發展上亟待突破的瓶頸，提供具體可行之建議。這些寶貴的建言，將作為本院再出發的針砭石。
為順應世界科技潮流所趨，並配合學校積極推動成為研究導向大學的政策，本院三系均亟思在私校有限的資源及現有的基礎上，開創新的研究領域。目前數學系已朝向生物統計及資訊應用方面發展，物理系則朝向計算物理及光電方面發展，化學系則朝向材料化學、生物化學、環境分析及計算軟體應用等方面發展。本院也已整合現有資源，正計畫成立「分子材料科學研究所」，期開闢研究新境，此舉也將有利於本院科技中心之發展。
除了科技研究方面，在人文交流上，本院自去年十二月起，提供鍾靈化學新館特色設計的榕樹下穿堂空間，定期舉辦多次具有知識性主題的「相約榕樹下」午茶交誼活動，期藉此一優雅開放的空間聯絡全校教職員的感情。該活動受到同仁們的響應，經常高朋滿座，更獲得院外單位的共鳴並加入經營行列。在此由衷地期待這別具特色的活動能吸引更多的同仁參與，也期盼此結合知性與感性的的聯誼活動能成為淡江文化的一部份。
由於本院院史已久，目前已有超過萬名的校友分佈海內外，從事各行各業，皆頗有成就，他們的奮鬥史和表現足以作為在校生的榜樣。因此，三系除為在校生架起與系友間的連繫橋樑外，也希望爭取系友的向心力，積極進行募款來籌設各系的發展基金，以為系發展特色之用。目前已陸續獲得系友的認同並收到捐款，全院募款總額已達二千萬元。其中又以化學系友捐贈化學新館三福廳和水牛廳一流多媒體音響設備，以回饋母校的案例尤為特殊。
四十多年來，理學院的成長就像一粒種子的萌芽，經過學校的養分供給和全院同仁的努力灌溉，在眾人期盼下終將成長茁壯如鍾靈化學館內的大榕樹，枝葉茂密，風姿卓然，並永遠與淡江共存榮。謹藉此文，將本院歲月累積的成果，作為迎接本校創校五十週年校慶的獻禮。
