長崎大學創立於1949年，於2004年11月與本校正式締結為姊妹校。該校位於日本九州長崎市，共有4個校園，設有教育、經濟、醫學、齒學、藥學、工學、環境科學等8個學院。

該校目前與世界上26個國家的96所大學及研究機構締結交流協議。學生約7712人，其中約有260名外國留學生研修。此外，該校推動第二外語研習，除了必修的英文之外，可依照興趣選擇中文、德文等修習。另外，該校在放射線對生物之影響與放射線傷害醫療之研究、特殊感染症研究之世界研究中心、長崎地區性與地理性特徵之相關研究、東南亞經濟研究等方面，皆具有世界學術聲望。（江啟義整理）